Mãn Châu Lý nằm ở phía tây của địa cấp thị Hulunbuir. Phía đông, nam và tây là kỳ Tân Barga Tả và kỳ Tân Barga Hữu, đều thuộc Hulunbuir, và có ranh giới với Nga ở phía bắc, thành phố có đường biên giới dài 54 kilômét (34 dặm). Thị trấn Zabaykalsk của Nga nằm đối diện ở phía bắc của đảo Abagaitu và Mãn Châu Lý.

Mãn Châu Lý nằm trên đồng cỏ Hulunbuir. Hồ Hô Luân là hồ nước ngọt lớn thứ năm tại Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa với diện tích lên tới 2,600 kilômét vuông (1,004 dặm vuông Anh) và độ sâu trung bình là 5 mét (16 ft).